Bugünkü İTÜ Denizcilik Fakültesi, 1909 yılında Çarkçıbaşı Hamit Naci Özdeş tarafından, İstanbul/Azapkapı'da özel gündüzlü, ortaokul sonrası 4 yıl eğitim-öğretim süreli olarak Güverte ve Makine Bölümlerinden oluşan "Milli ve Hususi Ticaret-i Bahriye Kaptan ve Çarkçı Mektebi" adıyla yeniden açılmıştır. 

Okul, önce İstanbul/Yüksekkaldırım'a, sonra yine ilk yeri olan İstanbul/Azapkapı'ya, daha sonra 1913 yılında İstanbul/Üsküdar'da Paşalimanı'na taşınmıştır.

1927 yılında İstanbul/Ortaköy'de Fer'iye Sarayı'na taşınıp, 1928 yılında "Âli Deniz Ticaret Mektebi" adıyla devletleştirilerek İktisat Bakanlığına bağlanan okul, her biri 2'şer yıl süreli Lise ile Yüksek Birimleri olan Güverte ve Makine Bölümleri bulunan bir eğitim-öğretim kurumu olarak yeniden düzenlenmiştir.

1930 yılında yatılı duruma getirilen okul, 1934 yılında "Yüksek Deniz Ticaret Mektebi" adını almıştır ve yüksek birimi bölümlerinin eğitim-öğretim süresi 3 yıla çıkarılmıştır.

1939 yılında Ulaştırma Bakanlığı'na bağlanan Yüksek Deniz Ticaret Mektebi'nin Lise Bölümleri 1945 yılında kapatılmıştır. 3 Haziran 1946 gün 4915 sayılı Yasa ile adı "Yüksek Denizcilik Okulu" olarak değiştirilip yeniden düzenlenerek, yine Ulaştırma Bakanlığı'na bağlı, 4'er yıl süreli Güverte ve Makine Bölümlerinden oluşan yüksek öğretim kurumuna dönüştürülmüştür.

1953 yılında Liman Başkanı yetiştirilmesi amacı ile 2 yıl eğitim-öğretim süreli Limancılık Bölümü açılmış ise de, bu bölüm 1956 yılında kapatılmıştır.

Deniz İşletmecisi yetiştirilmesi amacıyla 1975 yılında açılan Ulaştırma-İşletme Bölümü'ne öğrenci alımı 1982 yılında durdurulmuştur.18 Ağustos 1981 gün ve 1507 sayılı yasa ile Deniz Kuvvetleri Komutanlığı içine alınıp, şu anda bulunduğu İstanbul-Tuzla'ya taşınarak, adı "Denizcilik Yüksek Okulu" olarak değiştirilmiştir ve eğitim-öğretim yapısı yeniden düzenlenmiştir.

3 Temmuz 1992 gün ve 2809 sayılı yasa ile de İTÜ Denizcilik Fakültesi kurulmuştur.