Türk deniz ticaret filosunun üst düzey insan gücü gereksinimini karşılamaya yönelik ilk eğitim-öğretim kurumu olan bugünkü İTÜ Denizcilik Fakültesi, 1909 yılında Çarkçıbaşı Hamit Naci Özdeş tarafından, İstanbul Azapkapı'da özel gündüzlü, ortaokul sonrası 4 yıl eğitim-öğretim süreli olarak Güverte ve Makine Bölümlerinden oluşan Millî ve Hususi Ticaret-i Bahriye Kaptan ve Çarkçı Mektebi adıyla yeniden açıldı.

Okul, önce İstanbul Yüksekkaldırım'a, sonra yine ilk yeri olan İstanbul Azapkapı'ya, daha sonra 1913 yılında İstanbul Üsküdar'daki Paşalimanı'na taşındı.

1927 yılında İstanbul/Ortaköy'de "yan binalar" anlamına gelen Feriye Sarayı'na taşındı. Günümüzde bu binada Kabataş Erkek Lisesi hizmet vermektedir. Binaların bir bölümü de Galatasaray Lisesinin kız bölümü olarak kullanılmaktadır. 1928 yılında Âli Deniz Ticaret Mektebi adıyla devletleştirildi ve İktisat Bakanlığı'na bağlandı. Okul, her biri ikişer yıl süreli Lise ile yüksek birimleri olan Güverte ve Makine bölümleri bulunan bir eğitim-öğretim kurumu olarak yeniden düzenlendi.

1930 yılında yatılı duruma getirilen okul, 1934 yılında Yüksek Deniz Ticaret Mektebi adını aldı ve yüksek birimi bölümlerinin eğitim-öğretim süresi 3 yıla çıkarıldı.

1939 yılında Ulaştırma Bakanlığı'na bağlanan Yüksek Deniz Ticaret Mektebi'nin Lise bölümleri 1945 yılında kapatıldı. 3 Haziran 1946 tarihinde çıkartılan 4915 sayılı yasa ile adı Yüksek Denizcilik Okulu olarak değiştirildi. Ulaştırma Bakanlığı'na bağlı olarak dörder yıl süreli Güverte ve Makine bölümlerinden oluşan yüksek öğretim kurumuna dönüştürüldü.

18 Ağustos 1981 tarihinde çıkartılan 2507 sayılı yasa ile Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'na bağlandı ve İstanbul Tuzla'ya taşındı. Adı Denizcilik Yüksek Okulu olarak değiştirildi ve eğitim-öğretim yapısı yeniden düzenlendi

1989 yılında Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'ndan ayrıldı ve Denizcilik Yüksek Okulu adıyla İstanbul Teknik Üniversitesi'ne bağlandı.

3 Temmuz 1992 tarihinde  2809 sayılı yasa ile İstanbul Teknik Üniversitesi Denizcilik Fakültesi  kuruldu.