Türk Deniz Taşımacılığının üst düzey insan gücü gereksinimini karşılamaya yönelik ilk eğitim-öğretim kurumu olan bugünkü İTÜ Denizcilik Fakültesi, 5 Aralık 1884 tarihinde İstanbul/Heybeliada'da bulunan Deniz Harp Okulu'nun özel bir bölümü biçiminde yatılı olarak "Leyli Tüccar Kaptan Mektebi" adı ile açılmıştı.

1908 yılı mezunlarını verdikten sonra kapatılan bu kuruluş, 1909 yılında Çarkçıbaşı Hamit Naci Özdeş tarafından, İstanbul/Azapkapı'da özel gündüzlü, ortaokul sonrası 4 yıl eğitim-öğretim süreli olarak Güverte ve Makine Bölümlerinden oluşan "Milli ve Hususi Ticaret-i Bahriye Kaptan ve Çarkçı Mektebi" adıyla yeniden açıldı.

Okul, önce İstanbul/Yüksekkaldırım'a, sonra yine ilk yeri olan İstanbul/Azapkapı'ya, daha sonra 1913 yılında İstanbul/Üsküdar'da Paşalimanı'na taşındı.

1927 yılında İstanbul/Ortaköy'de Fer'iye Sarayı'na taşınıp, 1928 yılında "Âli Deniz Ticaret Mektebi" adıyla devletleştirilerek İktisat Bakanlığına bağlanan okul, her biri 2'şer yıl süreli Lise ile Yüksek Birimleri olan Güverte ve Makine Bölümleri bulunan bir eğitim-öğretim kurumu olarak yeniden düzenlendi.

1930 yılında yatılı duruma getirilen okul, 1934 yılında "Yüksek Deniz Ticaret Mektebi" adını aldı ve yüksek birimi bölümlerinin eğitim-öğretim süresi 3 yıla çıkarıldı.

1939 yılında Ulaştırma Bakanlığı'na bağlanan Yüksek Deniz Ticaret Mektebi'nin Lise Bölümleri 1945 yılında kapatıldı. 3 Haziran 1946 gün 4915 sayılı Yasa ile adı "Yüksek Denizcilik Okulu" olarak değiştirilip yeniden düzenlenerek, yine Ulaştırma Bakanlığı'na bağlı, 4'er yıl süreli Güverte ve Makine Bölümlerinden oluşan yüksek öğretim kurumuna dönüştürüldü.

18 Ağustos 1981 gün ve 2507 sayılı yasa ile Deniz Kuvvetleri Komutanlığı içine alınıp, şu anda bulunduğu İstanbul-Tuzla'ya taşınarak, adı "Denizcilik Yüksek Okulu" olarak değiştirildi ve eğitim-öğretim yapısı yeniden düzenlendi.

3 Temmuz 1992 gün ve 2809 sayılı yasa ile de İTÜ Denizcilik Fakültesi kuruldu.